Białystok ze względu na swoje położenie i historię jest silnie związany z dziedzictwem Wielkiego Księstwa Litewskiego. Pracujący tu przez lata znakomici lituaniści jak Stanisław Alexandrowicz czy Jan Tęgowski prowadzili badania w zakresie kartografii Wielkiego Księstwa Litewskiego, sieci miejskiej, osadnictwa oraz genealogii dynastycznej. Litewsko-ruska magnateria jest w centrum zainteresowania Ewy Dubas-Urwanowicz, Jerzego Urwanowicza i prof. Marzeny Liedke. Zarówno w przeszłości, jak i dziś wielu badaczy prowadzi studia nad stosunkami religijnymi na terenach wchodzących w skład państwa litewskiego. Przez lata nad rzymsko-katolicką siecią parafialną badania prowadził prof. Józef Maroszek, ewangelikami reformowanymi zajmuje się prof. Marzena Liedke, dr Piotr Guzowski i dr Elżbieta Bagińska, unitami dr Wojciech Walczak i prof. Antoni Mironowicz. Ten ostatni wraz ze swoimi uczniami (prof. Piotrem Chomikiem i dr hab. Urszulą Pawluczuk) stworzył środowisko studiujące dzieje Cerkwi prawosławnej.

W ostatnich latach coraz większe zainteresowanie historyków białostockich wzbudza gospodarka i przemiany militarne zachodzące w Wielkim Księstwie Litewskim (prof. Karol Łopatecki, prof. Marzena Liedke, dr Piotr Guzowski, dr Radosław Poniat). Efekty prac związane są z realizacją projektów badawczych finansowanych przez Narodowy Program Rozwoju Humanistyki i Narodowe Centrum Nauki. Rozwija się polsko-litewska współpraca zagraniczna (z Uniwersytetem Witolda Wielkiego oraz Instytutem Historii Litwy), a białostoccy historycy od lat są aktywnymi uczestnikami obrad Komisji Lituanistycznej przy Komitecie Nauk Historycznych Polskiej Akademii Nauk.